A Enalta Inovações Tecnológicas foi fundada em agosto de 1999 na cidade de Catanduva-SP com o objetivo de ser uma empresa inovadora voltada para soluções que agregam valor ao processo produtivo. Junto com a Herbicat e Embrapa Instrumentação Agropecuária e com o apoio da FAPESP, iniciou-se o desenvolvimento do primeiro Sistema de Gerenciamento Agrícola no Brasil, integrando eletrônica embarcada e software especialista em análise agrícola e operacional.

Em 2000 iniciaram-se as primeiras aquisições dos sistemas de gerenciamento para pulverização por usinas do setor sucroalcooleiro junto com a comercialização do Controlador Elétrico de Pulverização.

Em 2001 a Enalta muda sua sede para a incubadora "ParqTec" (Parque de Alta Tecnolgia) em São Carlos-SP, considerada referência em tecnologia no estado de São Paulo e no Brasil.

Atendendo às necessidades agrícolas brasileiras, principalmente em cana-de-açúcar e citricultura, em 2002 é lançada a primeira linha da família de controladores eletrônicos para fertirrigação, a Linha 1000.

Focada principalmente em tecnolgias voltadas para cana-de-açúcar desde sua criação, em 2003 a Enalta disponibiliza soluções para o plantio de grãos: Hectarímetro HEC1000 e Monitor de Plantio MP302. No mesmo ano foi lançada a nova linha de controladores, Linha 2000, agregando funcionalidades à família de controladores para fertirigação. Ainda em 2003, a Enalta muda para uma nova sede com o objetivo de aumentar a capacidade operacional da empresa.

Em parceria com a Apagri Consultoria Agronômica e a Usina Cerradinho Açúcar e Álcool S/A, a Enalta finalizou o desenvolvimento e validação das tecnologias voltadas para o monitoramento da variabilidade da produtividade de cana-de-açúcar, no processo de corte manual e carregamento mecanizado em 2004. Os resultados obtidos tornaram-se um marco para o setor sucroalcooleiro para técnicas de Agricultura de Precisão.

No início de 2005 foi lançado no mercado o Sistema de Informação Geográfica Agrícola, o PIMS-SIG. Desenvolvido em parceria com a empresa Próxima Software e Sistemas Ltda. (adquirida posteriormente pela TOTVS), este sistema integra consultas agrícolas disponíveis na base corporativa com mapas geográficos, facilitando tomadas de decisão no processo de gerenciamento e tornando-se ferramenta para criação dos ambientes de produção.

Dando continuidade ao crescimento da família de controladores para fertirrigação, lançou-se o primeiro controlador de fertirrigação integrado a um sistema de gerenciamento agrícola - Linha 3000. Devido a esse crescimento, no final de 2005 foi fundada a Enalta Software, Serviços e Sistemas, empresa especializada em desenvolvimento, manutenção e treinamento de sistemas integrados de eletrônica embarcada, mobilidade e sistemas especialistas.

Em 2006 a Enalta lançou duas tecnologias inéditas no mercado: o Monitor de Plantio para Plantadoras Automáticas de Cana-de-Açúcar SMI-10.000, equipado com o que há de mais avançado em sensoriamento, permitindo monitorar em tempo real o processo da sulcação e plantio de cana-de-açucar; e o Controlador Eletrônico de Pulverização ECP-401. Para a coleta de dados das atividades agrícolas foi lançado os novos Coletores de Dados Agrícolas, CDA 1000, equipamento este robusto e flexível para ser embarcado em diversos tipos de máquinas agrícolas. Também em 2006 foram lançadas soluções exclusivas para colheita mecanizada de cana-de-açúcar: Controlador Eletrônico do Corte de Base Flutuante e o Monitor de Produtividade para Colhedora Autopropelida.

Em fevereiro de 2007 deu-se início a implantação do Sistema de Gestão de Qualidade Enalta (SGQ-ENALTA), adequando todos os departamentos a norma ISO 9001:2000 através da reestruturação de processos internos para melhoria continua da qualidade de seus produtos e serviços. A Enalta também inovou com o lançamento de suas soluções em mobilidade no setor de transporte PIMS-SIG-Logística, permitindo a comunicação e monitoramento de todo o ciclo do corte, carregamento e transporte de cana-de-açúcar. Este sistema exclusivo integrava em tempo real a situação da frota utilizando CDA 1000, possibilitando uma análise das informações por meio de uma central com consultas geográficas em uma base de dados corporativa. Como resultados, havia o acompanhamento e monitoramento da frota e das frentes de colheita em mapas vetoriais.

Em Julho de 2007 foi lançado o primeiro Controlador Eletrônico de Plantodoras Automáticas de Cana-de-Açúcar PACC.

Em 2008 disponibilizou o Sistema SIMPRO (Sistema de Monitoramento Produtivo), com tecnologia de segunda geração Enalta e exclusiva solução de telemetria híbrida (GPRS e Satélital).

Em 2009 foi inaugurada a Enalta Centro Oeste Brasil ECOB, empresa filial que opera exclusivamente no setor de grãos e algodão com parceira com a Universidade Federal do Mato Grosso e empresas do agronegócio local.

Já em 2010 a Enalta foi integrada à carteira do Fundo Criatec, sendo este um fundo específico do BNDES (Banco Nacional de Desenvolvimento Econômico) e BNB (Banco do Nordeste) para capital semente em empresas inovadoras com alto índice de crescimento sustentável.